En noviembre de 2013 empezó a operar una nueva estructura administrativa como uno de los resultados del programa Grupo EPM Sin Fronteras, que se adelanta para llevar a la práctica el direccionamiento estratégico de la organización. En su primer nivel está conformada por la Junta Directiva, la Gerencia General y las siguientes vicepresidencias:
- Vicepresidencias Ejecutivas: Gestión de Negocios, Proyectos e Ingeniería, Estrategia y Crecimiento, Finanzas Corporativas y Gestión de Inversiones (según ajuste de septiembre de 2014).
- Vicepresidencias de Negocio: Generación de Energía, Transmisión y Distribución Energía, Gas, Agua y Saneamiento, Comercial, Proyectos Generación Energía, Estrategia Corporativa, Crecimiento.
- Vicepresidencias de Soporte: Finanzas Corporativas, Desarrollo Humano y Capacidades Organizacionales, Suministros y Servicios Compartidos, Comunicación y Relaciones Corporativas, Secretaría General, Auditoría Corporativa.
